遗传学是生命科学的核心学科。遗传学硕士点创立于1996 年。近5年来，本学科承担有多项国家及省部级的科研项目和人才项目，包括国家重点研发计划、科技部重大基础研究专项、国家生物转基因研究专项、国家948重大项目、国家自然科学基金重大项目、国家自然科学基金杰出青年基金项目、国家自然科学基金优秀青年基金项目、国家自然科学基金面上项目、教育部优秀青年教师计划和国家留学归国基金项目、国家航天育种重大工程、上海市科委重大和重点项目、上海市自然科学基金项目、上海市教委重点项目以及上海市农委重大科技攻关项目、教育部新世纪人才计划、上海市浦江人才计划、上海市启明星计划等。近来相关成果发表在Science、Cell、Nature Genetics、Nature Communications、PNAS、The Plant Cell、Plant Journal、New Phytologist、Plant Biotechnology Journal、Plant Physiology、Plant Science、Plant Biology、Rice 等国际顶级学术期刊上。
毕业的研究生具有很好的就业前景及深造机会。除了继续选择攻读博士学位和国外留学之外，毕业生大多在上海市及长三角地区的高、中等院校、科研院所从事教学、科研、管理、研发等工作。
目前遗传学硕士点设有8个研究方向：
1.水稻农艺性状解析与导航育种：利用水稻大规模遗传群体，挖掘重要功能基因，解析复杂性状形成的遗传与分子网络基础。通过基因组导航育种平台，实现优良等位基因的精准聚合与新品种智能设计，显著提升育种效率与定向改良精度，为水稻高产优质绿色新品种的选育提供创新技术体系。（导师：黄学辉、魏鑫）
2.植物基因组解析与多组学智能整合：构建植物遗传学大数据平台，建立基于深度学习的多组学整合分析模型。聚焦重要性状相关基因调控网络与演化规律，实现从序列到多组学的智能预测与功能注释，为作物分子设计育种与植物适应性进化研究提供数据驱动的决策支持。（导师：黄学辉、邱杰）
3. 植物免疫及抗病机制研究：综合利用遗传学、分子生物学、生物化学等手段研究植物免疫信号传导及抗病分子机制，并开展植物抗病基因工程研究。（导师：孟祥宗、周京赓）
4. 玉米功能基因组学与籽粒遗传改良：聚焦玉米关键农艺性状的遗传改良，结合经典遗传学图位克隆与多组学分析方法（包括 GWAS、BSA-seq 和空间转录组等），开展玉米蛋白品质提升及马齿—硬粒性形成的基因克隆与分子调控机制研究，为优质高蛋白玉米的分子设计育种提供理论依据和基因资源，并为我国玉米品质改良创制与积累相关遗传材料。（导师：王文琴）
5.水稻功能基因克隆和分子育种：利用基因编辑技术、转基因技术和分子育种等技术分子克隆水稻功能基因以及创制与培育优质特色功能水稻新品种。（导师：董彦君）
6.植物天然产物代谢调控与代谢工程：聚焦植物天然产物的合成生物学与代谢工程研究，致力于解析与重构植物次生代谢网络，通过定向改造代谢通路，构建高效、稳定的活性成分生物合成体系，从而显著提升目标产物产量，推动高价值天然产物的绿色低成本制造。（导师：崔丽洁）
7.水稻及其农作物优质性状基因挖掘：利用分子遗传学与基因工程方法，开展分子标记育种技术的研发与推广。（导师：赵国超）
8.基因编辑技术与微生物：植物基因编辑新系统的研发以及利用CRISPR/Cas9 技术改造稻米胚乳营养成分，创制特有营养品质水稻新种质。（导师：林冬枝、董彦君）
